A ASAE tem hoje menos inspectores ao serviço do que na data da criação. Em 2006, a Autoridade de Segurança Alimentar e Económica tinha 251 inspectores num total de 595 trabalhadores. Actualmente, conta com 491 trabalhadores, dos quais 248 são inspectores.
De acordo com o Público, também em matéria orçamental, a ASAE vive com carências. Em 2019, contou com um orçamento de pouco mais de 20 milhões de euros, em 2020 a verba cresceu para 22 milhões, mas em 2021, ainda em plena pandemia, regrediu para cerca de 18,5 milhões. Para 2022, o orçamento foi fixado em cerca de 20,5 euros, mais 11% face a este ano, dos quais 2% de aumento das transferências do Orçamento do Estado e 9% de aumento da projecção de receitas próprias. Contudo, o chumbo do Orçamento do Estado para 2022 pode colocar este valor em causa.
Em entrevista ao mesmo jornal, o inspector-geral da ASAE, Pedro Portugal Gaspar, admite dificuldades da Autoridade em fazer determinadas inspecções, entre as quais no comércio online.
